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단백질 구조, 몰(.MOL) 파일 구조 (.MOL File format)[.Mol,protein,단백질,구조,파일구조]

몰(.MOL) 파일의 대략적인 구조 (BT .MOL FILEFORMAT)는 다음과 같다.

[Header] {3Line}

1: Name - 구조이름

2: IIPPPPPPPPMMDDYYHHmmddSSssssssssssEEEEEEEEEEEERRRRRR

(FORTRAN: A2[–A8–][—A10–]A2I2[–F10.5-][—F12.5–][-I6-] )

User’s first and last initials (I) 유저의 첫이니셜과 마지막이니셜

program name (P) - 프로그램 이름 8자리

date/time (M/D/Y,H:m) - 일시

dimensional codes (d) - 차원

scaling factors (S, s) - ?

energy (E) if modeling program input - ?

internal registry number ® if input through MDL form -?

3: COMMENTS - 주석 (주석이 없으면 빈줄처리)

[Connection Table] {4Block}

Counts Line [1]

Atom Block [1..*]

Bond Block [1..*]

Properties Block

by 月風

Tags : 기타_지식, 단백질구조, 물질구조, 생명공학, 지식, 파일구조, Biotechnology, BT, fileformat, mol

이미지출처 : www.kdipal.net

생명공학(BT - Bio Technology) 관련 용어 정리

Allograft : 동종이식 하다.

옹스트롬(angstrom) : 약호 A 또는 Å. 1Å=10^-8 cm이다. 빛의 파장이나 물질 내의 원자간 거리 등을 나타내는데 쓴다. 원자 ·분자의 크기나 결정의 격자 간격은 1Å 정도이다. 1Å=10^-10 m이므로 텐스미터(tenth meter)라고 하는 경우도 있다.

ATP(adenosine triphosphate) : 아데노신 3인산

Autograft : 자가이식 하다.

Autologous serum : 자가혈청

backbone : DNA의 뼈대

BBB : Brain Blood Barrier

biomaterials : similar defective tissue인 대체물

bond : 화학결합

bone marrow : 골수

칼페인(calpain) : 단백질 분해효소, 칼슘에 의해 활성화 될 수 있음.

카이랄(Chiral) :

카이랄(chiral)이란 왼손과 오른손이 서로 겹칠 수 없는 거울상의 관계에 있음에 비유된 그리스어로 「손」을 의미하며, 이러한 의미로 의약품 중에서 어떤 두 분자가 서로 겹칠 수 없는 3차원적 구조에 기인하여 거울상의 관계에 있을 때 키랄 의약품으로 분류한다. 의약품을 구성하는 화합물이 원소와 원소들 사이의 결합방식 혹은 결합순서는 동일하지만 원소들의 공간배열의 차이 때문에 서로 완전히 겹치지 않는 거울상을 가질 때 거울상 이성질체라 하며 이러한 거울상 이성질체의 의약품은 카이랄 의약품에 해당하는 것으로 키랄 환경이 아닌 보통의 조건에서는 물리적, 화학적 성질이 동일하지만 생체와 같은 키랄 환경에서는 각각 다른 생리 활성을 나타내는 의약품으로 인식된다.

세 계적으로 시판되는 의약품 중 카이랄 의약품은 50% 이상을 차지하며, 거울상 이성질체를 분리하여 광학적으로 순수한 하나의 거울상 이성질체 형태로 판매되는 의약품은 그 중에서도 50% 이하이다. 특히 합성의 방법으로 얻어진 카이랄 의약품은 10% 이하만 광학적으로 순수한 형태로 판매되고 있으며, 나머지 대부분의 의약품은 두 거울상 이성질체가 반반씩 혼합되어 있는 광학이성질체 혼합물(racemate) 상태로 판매되고 있다.

전 체 의약품 중 50%이상을 차지하고 있는 카이랄 의약품은 카이랄 중심의 수에 따라 2n개의 광학이성질체가 존재하며 생체 내에서 흡수 및 대사, 수용체와의 상호작용 등에 있어 서로 다른 성질을 나타낸다. 임상결과 안정한 것으로 생각되었으나 이성질체로 인해 수십 년 후 그 독성이 밝혀진 사례로 Thalidomide, Dopa, Ketamin, Penicillamine, Ethambutol 등이 있으며, 이와 같은 부작용을 미연에 방지하기위해 미국 FDA (US Food and Drug Association)에서는 새로운 카이랄 의약품을 판매하기 위해서는 반드시 각각의 거울상 이성질체에 대한 생리활성을 확인한 후 인체에 독성이 없는 하나의 거울상 이성질체로 구성된 의약품이거나 또는 혼합된 상태로 사용되어도 안전하다는 충분한 근거가 있는 의약품만 판매가 허가되도록 하는 새로운 지침을 발표하였다.
compound : 화합물

FBS(fetal bovine serum) : 우태혈청

Geometry : 결합구조
genotype : 유전자형(型), 인자형(因子型) cf. phenotype

친수성(hydrophilic) : 물과 친화성이 있는 성질

소수성(hydrophobic) : 물과의 친화력이 적은 성질

체외(in vitro) : 시험관 내에서의 실험에 쓰는 표현

채내(in vivo) : 세포(조건)나 동물실험에 쓰는 표현

MDDR(MDL Drug Data Report) : MDL사에서 만든 약 정보 리포트

메틸화 (methylation) : 유기화합물의 탄소 ·질소 ·산소 ·황 원자 등과 결합한 수소원자를 메틸기(基) －CH₃로 치환하는 반응.

오르니틴회로(ornithine cycle) : 동물체 내에서 암모니아를 요소로 전환하는 화학반응 경로

PPB(parts per billion) : 농도의 단위. 1피피비는 10**－9**으로 1ppm의 1000분의 1이다.

Pro Drug : 어떤 약물을 화학적으로 변화시켜 물리·화학적 성질을 조절한 약물. 그 자체는 생리 활성을 나타내지 않지만 투여 후 체내에서 화학적으로, 혹은 효소의 작용에 의하여 원래의 약물로 바뀌어 약효를 발휘한다.
phenotype : 표현형(表現型) 육안으로 볼 수 있는 생물의 성질 cf.genotype

R/S Form : 유기화학에서 순위가 가장 낮은것을 기준으로 시계방향으로 돌면 S 반대면 R폼이다.

stem cell : hematopoietic stem cell(blood 생성)

mesenchymal stem cell(connective tissues, hematopoietic 유지기능)

superimposing : 두개의 Molecule을 겹쳐 보는것
SNP(single-nucleotide polymorphism) : 인간 게놈의 개인차이(평균 1천염기당 1개꼴로 다르다)

꼬임률(torsion) : 공간 곡선위의 한 점이 접촉평면과 이루는 각과 곡선의 호의 길이의 극한값의 비이다. 제2곡률이라고도 한다.

요소(Urea) : CO(NH2)2의 화학식을 갖는 물질로, 포유류나 양서류가 단백질을 섭취하였을 때, 몸 속에서 단백질이 분해되면서 만들어지는 암모니아가 요소로 전환되어 소변과 함께 배출된다.

X선결정학(X-ray crystallography) : 결정의 X선회절 현상을 이용하여 결정구조를 조사하는 학문분야이다. 결정구조인자(F)의 절대값과 X선회절 세기의 실측값을 비교하여 결정 단위격자 속의 원자의 위치를 판정한다

수율(yield) : 투입에 대한 완성 비율

positive & negative 영역 : hydrophilic일 때 P,N영역을 말한다. N공간에는 P성질,P공간에서는 N성질을 결합 할 수 있다. 자석처럼.

cell implantation process : 셀 분리(cell isolation) -> 셀 확장(cell expansion) ->셀 심기(cell seeding) -> 시험관에서 셀 배양(in vitro culture) -> 착상(implantation)

ceramics : HA(Hydroxyapatite : 금방사라짐), β-TCP(β-tricresylphosphate : 금방사라짐),CMP(calciummetaphosphate : 중간정도)

by 月風

[생명공학] 단백질 구조, 몰(.MOL) 파일 구조 (.MOL File format)

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[생명공학,용어정리] 생명공학(BT - Bio Technology) 관련 용어 정리

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