[생명공학] 단백질 구조, 몰(.MOL) 파일 구조 (.MOL File format)

이미지출처 : czechabsinthe.wordpress.com

몰(.MOL) 파일의 대략적인 구조 (BT .MOL FILEFORMAT)는 다음과 같다.

[Header] {3Line}

1: Name - 구조이름

2: IIPPPPPPPPMMDDYYHHmmddSSssssssssssEEEEEEEEEEEERRRRRR

(FORTRAN: A2[–A8–][—A10–]A2I2[–F10.5-][—F12.5–][-I6-] )

User’s first and last initials (I) 유저의 첫이니셜과 마지막이니셜

program name (P) - 프로그램 이름 8자리

date/time (M/D/Y,H:m) - 일시

dimensional codes (d) - 차원

scaling factors (S, s) - ?

energy (E) if modeling program input - ?

internal registry number ® if input through MDL form -?

3: COMMENTS - 주석 (주석이 없으면 빈줄처리)

[Connection Table] {4Block}

Counts Line [1]

Atom Block [1..*]

Bond Block [1..*]

Properties Block

by 月風

Tags : 기타_지식, 단백질구조, 물질구조, 생명공학, 지식, 파일구조, Biotechnology, BT, fileformat, mol

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[구글 안드로이드]안드로이드에서 데이터베이스를 열지 못할때.

이미지출처 : news.cnet.com

안드로이드에서 데이터베이스를 열지 못할때.

안드로이드를 사용해서 뭔가 만들어보려고 뚝딱거리다가,

어느순간 m5버젼이 나왔다.

m3버젼을 쓰고 있었는데, m5버젼이 나왔다.

돌아가는 모습을 좀 보려고 튜토리얼을 실행시켰는데.. 이런!

데이터베이스를 열지 못한다. nullPointerException이 나온다.

프로그램을 처음 접했을 때부터 무던히도 날 괴롭히던 녀석이..

여기서도 어김없이 등장했다.

디버깅 모드를 써서 추적을 해봐도..

추적이 쉽지않다.

결국 추적을 위해 비슷한 어플리케이션을 만들어서..

아직 api 소스가 나오지도 않았기에 역컴파일까지 해서 추적을 했더니…

db를 쓰지도 못하고 읽지도 못하는것 아닌가!

그래서 db에 null값이 들어있기 때문에 이런 현상이 발생하는 것이었다.

이런! 이 문제를 어떻게 해결할 것인가..

이건 코드 레벨에서 어찌 할 수 있는 문제가 아니었다.

방법은..

기존에 있던 유저파일을 리셋하는것이다.

에뮬레이터 실행할때.

-wipe-data 옵션을 줘서 유저데이터를 지울 수 있고,

혹은 아래의 경로에서 직접 삭제 할 수 있다.

Code:

	Linux: ~/.android/userdata.img
	Windows: C:\Documents and Settings\<loginname>\Application
	Data\Local\Android\userdata.img

Upgrading the SDK 문서가 좀 더 일찍 나왔더라면 이런 수고는 하지 않았을텐데 아쉽다.

Reference

• 
  http://groups.google.com/group/android-developers/browse_thread/thread/9c54f3af0b9daff8#
  
• http://code.google.com/android/reference/emulator.html#startup-options
• http://code.google.com/android/intro/upgrading.html

by 月風

Tags : 구글, 데이타베이스, 안드로이드, android, database, Google, IT, mobile

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[영화,멜로] 춤추다 눈맞는 멜로영화. 스텝업2 - 더 스트리트 (stepup2 - The Street)

이미지출처 : wolfpack.tistory.com

오랜만에 영화를 한편 보려고 현재 개봉영화를 찾아보니 평점이 괜찮아서 봤다.

스텝업1을 재미있게 봐서 기대를 하고 봤는데,

대부분의 영화가 전편을 따라가지 못하는데, 스텝업2는 충분히 기대만큼의 것을 보여줬다.

전편의 주인공인 타일러도 잠깐 출연해서 멋진 춤솜씨를 보여주고,

많은 댄서들이 나와서 멋진 춤을 보여주는데,

뭔가 스토리가 쨍쨍하고 가슴에 남는 영화를 찾는것이라면 다른영화를 보라고 권해주고 싶다.

이 영화는 가슴보다는 머리에,눈에,귀에 남는 영화였다.

특히 힙합을 좋아하는 나로써는 보는내내 들썩거리고 싶었는데 극장이라 그럴수가 없었다.

극장에 이런 영화를 위해서 스탠딩 좌석이 있는건 어떨까?ㅎㅎ

고심하고 생각할 필요없이 즐거운 영화를 찾는 사람들에게 강추하는 영화다.

by 月風

Tags : 미국영화, 스텝업2, 영화, 춤, movie, step up2

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나의 생활 신조들.

• 
  責人之心으로 責己하고 恕己之心으로 恕人하라. - 范純仁(범순인)
  
  (남을 꾸짖는 마음으로 나를 꾸짖고, 나를 용서하는 마음으로 남을 용서하라.)
  



• 人生事 塞翁之馬(인생사 새옹지마)



• 야망만큼 덕망도 키워라. - 나

by 月風

Tags : 독백, 생활신조, 월풍

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3 가지.

10대때의 나는 살면서 죽을 때 까지 할 수 있는 3가지를 하며 살겠다고 마음을 먹었다. 그당시엔 겨우 한가지 정도를 어렴풋이 정했지만 이제는 그 3가지를 확고히 정하게 되었다.

어렴풋이 직업으로는 컴퓨터를 이용하는 일을 하고 싶다고 생각했었다.

예전부터 게임도 좋아하고, 무언가 뚝딱거리는 것을 좋아했던 나는 지금 개발자라는 직업을 가지고 있다. 무언가를 만들어 낸다는것은 참으로 즐거운 일이다. 나는 손재주가 없어서, 그림도 잘 못그리고, 글씨도 악필이며, 다룰줄 아는 악기도 하나 없지만 컴퓨터를 가지고 무언가 뚝딱뚝딱 만들어 낼 수 있어서, 뿌듯함을 느낀다. 지금은 물론 돈을 벌기위해 일로 하고 있지만, 나중에 주식투자로 충분히 먹고 살만한 능력을 가지게 되면, 오픈소스에도 적극적임 참여를 하고, 후배 개발자들에게 조언하는 조언자가 되고 싶다.

나는 본디 산만하고, 동분서주해서 가만히 있지 못하는 편이었다. 그러나 운동을 하고 난 뒤에는 심신이 안정되고 보다 오랜시간동안 한가지 일에 집중 할 수 있게 되었다.

운동후에는 스트레스도 풀리고, 사람답게 살고 있다는 기분이 들게 된다.

학교를 다니며 친구들에게 “사람이 숨을 쉬어야 살듯이, 운동도 숨쉬듯 해야 한다.” 라고 말하며 다녔는데, 요즘은 통 제대로 된 운동을 하지 못해서 아쉽다.

날씨도 따뜻해지고 하니, 가벼운 스트레칭이라도 시작해야겠다.

그리고 최근에 한가지 관심분야가 더 늘었다. 바로 주식이다. 세상 사람들이 살아가기 위해서는 일을 할테고, 새롭게 열정을 가지고 새로운 회사를 설립하는가 하면, 경쟁에 뒤쳐져서 사라지는 기업들도 있다. 하지만 주식시장은 여전히 활발하다. 경제가 나빠지거나 좋아지거나 가격 변동은 항상있다. 아직 안목이 없지만 20대에 안목을 기르는 훈련을 좀 하면, 30대 이후에는 월평균 1%이상의 수익을 낼 자신이 있다. 물론 잘못된 결정으로 인해 손해를 보는일도 가끔 있겠지만, 내 결정에 따라 결과가 나오니 얼마나 정직한가? 나는 로또와 같은 복권을 종종 사는 편이다. 당첨이 되면 물론 좋겠지만 확률적으로 매우 힘든일이기 때문에, 그야말로 운에 모든걸 걸어야 하는것에는 큰 기대를 하지 않는 편이다. 하지만 주식은 나의 노력 여하에 따라 실패의 폭이 그만큼 줄어들고 성공의 확률은 그만큼 높아진다. 그래서 주식은 참 매력적이고 평생 하고싶은 일이다.

나는 무언가 만들어내는것에 기쁨을 느낀다.

개발자로 일하면서 소프트웨어도 만들어내고, 운동을해서 체력도 길러내고, 주식으로 돈도(?) 만들어 내면서 즐거움을 만들어 내며 살아야지.^^

나는 무엇을 하며 살고싶은가?

• Creator - 뭔가 만들어 내는사람
  
  
• Computer Application Creator - 소프트웨어를 만들어내는 사람


• Exerciser - 운동하는 사람


• Stock Trader - 주식거래하는 사람

by 月風

Tags : 3가지, 개발자, 운동, 월풍, 일기, 주식

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[위키] 위키 설치법. 미디어 위키 설치 (Mediawiki installation)

이미지출처 : blog.bn2vs.com

미디어 위키 설치 (Mediawiki installation)









웹서버는 아파치나 IIS가 깔려있어야 하고,

PHP는 5.0버젼 이상이 깔려 있으면 된다.( 64-bit system)

데이터베이스는 MySQL과 PostgresSQL을 지원한다.

우선 http://www.mediawiki.org/wiki/Download 에서 다운로드를 받는다.

아래와 같이 압축을 풀고,

Code:

tar xvzf mediawiki-*.tar.gz

압축을 푼디렉토리로 들어가서 config디랙토리의 권한을 755로 설정해준다.

DB를 생성해준다.

Code:

create database wikidb;

grant create, select, insert, update, delete, alter, lock tables on wikidb.* to 'wikiuser'@'localhost' identified by 'password';

flush privileges;

\q

etc/httpd/conf/httpd.conf에 alias /mediawiki “실제경로” 를 설정해준다.

미디어위키 스크립트를 실행한다.

Code:

http:// my.url/mediawiki/config

LocalSettings.php 파일을 위키의 홈 디렉토리로 옮겨준다.

Code:

mv ./config/LocalSettings.php ./

All page로 가서 Mediawiki에 보면 Sidebar등을 설정 할 수 있다.

Reference : http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide

by 月風

Tags : 미디어위키, 설치, 환경, installation, IT, Mediawiki, Wiki

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[이클립스RCP(ECLIPSE RCP)] EclipseRCP 사용자 정의 다이얼로그 사용하기.( EclipseRCP SWT Custom dialog)

이미지출처 : www.mobilefish.com

EclipseRCP 사용자 정의 다이얼로그 사용하기.( EclipseRCP SWT Custom dialog)

SWT에서는 다음의 5가지 Dialog를 제공하고 있다.

• ColorDialog
• DirectoryDialog
• FileDialog
• FontDialog
• MessageBox

하지만 필요에따라 자신만의 Dialog를 만들어 쓸 일이 생기는데..

간단한 SlideDialog의 예제로 알아보자.

Code:

	private IWorkbenchWindow window;
	private Shell customDialog;
	private Button buttonOK;
	private Button buttonCancel;
	private boolean isSetting;
	private float density;
	private Listener listener = new Listener() {
	public void handleEvent(Event event) {
	if (event.widget == buttonOK) {
	isSetting = true;
	} else {
	isSetting = false;
	}
	customDialog.close();
	customDialog.dispose();
	}
	};
	private void initialize() {
	customDialog = new Shell(window.getShell(), SWT.APPLICATION_MODAL| SWT.DIALOG_TRIM);
	customDialog.setText("Setting Density");
	customDialog.setSize(210, 100);
	buttonOK = new Button(customDialog, SWT.PUSH);
	buttonOK.setText("OK");
	buttonOK.setBounds(10, 40, 80, 25);
	buttonCancel = new Button(customDialog, SWT.PUSH);
	buttonCancel.setText("Cancel");
	buttonCancel.setBounds(110, 40, 80, 25);
	final Slider slider = new Slider (customDialog, SWT.HORIZONTAL);
	slider.setBounds (10, 10, 180, 24);
	slider.setIncrement(10);
	slider.setMaximum(109);
	slider.setToolTipText("MIN <--!--> MAX");
	buttonOK.addListener(SWT.Selection, listener);
	buttonCancel.addListener(SWT.Selection, listener);
	slider.addListener (SWT.Selection, new Listener () {
	public void handleEvent (Event event) {
	density = slider.getSelection()*0.01f;
	}
	});
	}
	public void run(IAction action) {
	initialize();
	customDialog.open();
	// sleep during dialog work. dialog 가 닫힐때까지 기다리게 해준다.
	while (!customDialog.isDisposed()) {
	if (!window.getShell().getDisplay().readAndDispatch())
	window.getShell().getDisplay().sleep();
	}
	if(isSetting) {
	System.out.println("Density : "+density);
	}
	}

코드 후반의 while문 부분이 없다면, Dialog에서 어떤 조작을 하기도 전에 if문이 실행되버리니 유의해야 한다.

by 月風

Tags : 이클립스RCP, Custom dialog, development, Eclipse RCP, IT, Java, SWT

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[영화,멜로] 다큐멘터리 같은 멜로영화. 어톤먼트 - 속죄(Atonement)

이미지출처 : www.kfcenter.or.kr

무언가 엄청난 멜로 영화일꺼라는 기대를 품고 영화를 감상했지만..

예상과는 좀 다르게, 다큐멘터리를 보는거 같은 기분이 들었다.

영화의 전개는 작은 사건 하나 하나를 보여주고,

다른시점에서 다시 그 시점을 따라가는 방식으로 전개되는데, 좀 혼란스러웠다.

장면장면들에는 ‘신경을 많이 쓴 영화다!’ 라는것이 느껴지지만,

무언가 공허하고, 빠진듯 싶은 영화다.

한국식의 멜로 영화를 생각하고 본다면, 영화를 보는 도중에 잠이들어버릴지도 모르겠다.

이 영화를 보면서 든 생각들..

• 옛날엔 참 DNA수사같은걸 못하니까 저런 누명을 썼구나.. CSI가 범인을 밝혀줘야 되는데..
• 애들을 조심해야 한다.
• 재미삼아 던진돌에 개구리가 맞아 죽는다.

by 月風

Tags : 속죄, 어톤먼트, 영국영화, 영화, atonement, movie

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[이클립스RCP(ECLIPSE RCP)] EclipseRCP 마법사 사용하기(EclipseRCP Wizard)

이미지출처 : www.mobilefish.com

EclipseRCP 마법사 사용하기(EclipseRCP Wizard)

When you use wizard, you and users probably will be happy.

마법사를 이용하면 개발자 사용자 모두 편해 질 수 있습니다.

Wizard can have one ore more pages.

마법사는 하나 또는 여러개의 페이지를 가질 수 있습니다.

I wrote simple single page wizard code in this post.

이 포스트에는 간단하게 만들수 있는 단일 페이지 마법사 코드를 작성 해 봤습니다.

MyWizard.java

Code:

	public class MyWizard extends Wizard {
	MyWizardPage mainPage;
	public MyWizard() {
	}
	public void addPages() {
	super.addPages();
	mainPage = new MyWizardPage();
	addPage(mainPage);
	}
	public boolean performFinish() {
	if(mainpage.isActionValid()) return true;
	return false;
	}
	public boolean performCancel() {
	return true;
	}
	}

MyWizardPage.java

Code:

	public class MyWizardPage  extends WizardPage {
	public MyWizardPage() {
	super("pageName");
	setTitle("Title");
	setDescription("Description");
	//    super(pageName,title,titleImage);
	}
	public void createControl(Composite parent) {
	// $begin code generated by SWT-Designer$
	Composite container = new Composite(parent, SWT.NULL);
	final GridLayout gridLayout = new GridLayout();
	gridLayout.numColumns = 3;
	container.setLayout(gridLayout);
	setControl(container);
	//add Components
	//....
	}
	public void init(ISelection selection) {
	if (!(selection instanceof IStructuredSelection)) return;
	//init..
	}
	}

by 月風

Tags : 위자드, 이클립스RCP, development, Eclipse RCP, IT, Java, Wizard

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